Se produce por un desgarro de la mucosa del ano; es frecuente que aparezca tras un esfuerzo para evacuar o tras un episodio de estreñimiento. También puede aparecer en relación a un episodio de diarrea, por el efecto de numerosas evacuaciones ácidas. Otras causas son los traumatismos anales o las enfermedades inflamatorias del intestino.
El objetivo es el tratamiento del dolor, mediante baños de asiento (en la ducha o en el bidé), calmantes y tratamiento tópico anal (pomadas específicas) que consigue la relajación del esfínter anal, contraído a causa del intenso dolor. De esta forma se recupera el riego sanguíneo de la zona de la fisura y ésta cicatriza.
Otra opción es la inyección de toxina botulínica (Botox®) en el esfínter anal, con el mismo objetivo, su relajación.
Por último, en algunos casos será necesaria una intervención quirúrgica, conocida como Esfinterotomía Lateral Interna, que consiste en la sección parcial de uno de los esfínteres anales, mediante una pequeña incisión en el margen anal.